東院（伽藍）は、唐より帰朝した空海が大同2年（807）に建立したと伝える寺域です。本堂である金堂は、お大師さまが密教を学んだ、唐の長安・青龍寺の伽藍を模して建立されたと伝えられています。 しかしながら、永禄元年（1558）の兵火によって、創建当初の伽藍諸堂は全焼してしまいました。 その後、戦国時代が終わり、生駒家、京極家といった讃岐の大名をはじめとした、朝野にわたる援助により再建が進み、現代に至ります。

西院（誕生院）には、もともと、お大師さまの出身の佐伯家の邸宅がありました。東院の「善通寺」創建の時には、父君・善通卿も母君・玉寄御前も佐伯家の方々は、この邸宅にお住まいになっていたのです。まさに、ご誕生の聖地です。
鎌倉時代になり、その跡地に御影堂を中心とした「誕生院」が整備されました。御影堂奥殿のある場所は、その佐伯家邸宅のありし時は母君のお部屋のあった場所と伝わっています。戒壇めぐりは、まっくらな中を進んで自己を見つめなおす精神修養の道場で、その中央は奥殿の真下にあたります。あわせて、産湯井と寺宝を収蔵する宝物館が拝観できます。